Одним из главных принципов уникальной «системы Физтеха», заложенной в основу образования в МФТИ, является тщательный отбор одаренных и склонных к творческой работе представителей молодежи. Абитуриентами Физтеха становятся самые талантливые и высокообразованные выпускники школ всей России и десятков стран мира.

Студенческая жизнь в МФТИ насыщенна и разнообразна. Студенты активно совмещают учебную деятельность с занятиями спортом, участием в культурно-массовых мероприятиях, а также их организации. Администрация института всячески поддерживает инициативу и заботится о благополучии студентов. Так, ведется непрерывная работа по расширению студенческого городка и улучшению быта студентов.

Адрес e-mail:

Параллельный множественный термодинамический анализ коаксиального стекинга при химической модификации олигонуклеотидов интеркалирующими агентами акридином и феназином

А. В. Бутыгин, В. А. Василисков, Д. В. Прокопенко, Д. В. Пышный.

Московский физико-технический институт

Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта РАН

Новосибирский институт биоорганической химии РАН

 

Одним из важных применений биологических микрочипов в исследовании ДНК является секвенирование ДНК посредством гибридизации (SBH). Для увеличения эффективности SBH Лысовым и др.[1] было предложено применять гибридизацию олигонуклеотидов встык, использующую стэкинг взаимодействие (CSH-contiguous stacking hybridization). Позже было показано, что в некоторых случаях эффект стэкинга недостаточно велик для выявления четкой картины гибридизации [2]. Чтобы увеличить стабильность дуплексов со слабым стэкингом, мы решили использовать интеркалирующие агенты (акридин, феназин) из ряда описанных в работе Пышного и др.[3].

Был проведен параллельный термодинамический анализ коаксиального стэкинга двух оснований, локализованных в одной цепи двухцепочечной ДНК, в зависимости от 5’-модификации олигонуклеотидов интеркалирующими агентами, акридином и феназином при двух значениях ионной силы (0,1М и 1М NaCl). Олигонуклеотиды были иммобилизованы в матрице трехмерных полиакриламидных гелевых ячеек микрочипа (MAGIChip^{TM}). Стэкинг был изучен для всех комбинаций из двух оснований и оценен посредством измерения увеличений (сдвигов) температур плавления и свободной энергии дуплекса, сформированного стыковыми 5-мером и иммобилизованным на микрочипе5’-модифицированным 10-мером. Было показано, что такие агенты, как акридин и феназин, при различных комбинациях оснований в участке стыка могут как стабилизировать, так и дестабилизировать тандемные дуплексы. Стабилизация имеет место не только в случае совершенных дуплексов, но и в некоторых случаях “мисматчей” и отступов (gaps). Эффект стабилизации широко наблюдается в буфере с ионной силой 0,1М и реже в буфере с 1М. Анализ влияния на дискриминацию мисматчных дуплексов показал, что при использовании агентов дискриминация растет в, примерно, тридцати процентах случаев.

 

Литература .

Lysov,Yu.P, Florentiev,V.L, Khorlin,A., Khrapko,K.,Shick,V., Mirzabekov,A.D. (1988) A new method to determine the nucleotide sequence by hybridizing DNA with oligonucleotides. Proc. Acad. Sci. USSR, 303, 1508-1511. Vasiliskov,V.A., Prokopenko,D.V. and Mirzabekov,A.D. (2001) Parallel multiplex thermodynamic analysis of coaxial base stacking in DNA duplexes by oligodeoxyribonucleotide microchips. Nucl. Acids Res. 29(11), 2303–2313. Пышный, Д.В., Лохов, С.Г., Сильников, В.Н., Шишкин, Г.В., Иванова, Е.М. и Зарытова, В.Ф. (1999) Влияние структуры азинов, присоединенных к 5’-концевому фосфату олигонуклеотида, на термодинамику образования комплементарных комплексов. Биоорг. Хим., 25(1), 40–55.
Если вы заметили в тексте ошибку, выделите её и нажмите Ctrl+Enter.

© 2001-2016 Московский физико-технический институт
(государственный университет)

Техподдержка сайта

МФТИ в социальных сетях

soc-vk soc-fb soc-tw soc-li soc-li
Яндекс.Метрика