Лаборатория теоретических и компьютерных исследований макромолекул и геномов
Лаборатория теоретических и компьютерных исследований биологических макромолекул и геномов является междисциплинарной лабораторией в рамках Центра изучения молекулярных механизмов старения МФТИ, работа которой сфокусирована на различных проблемах в области биоинформатики и вычислительной биологии. Также лаборатория предоставляет вычислительные ресурсы и поддержку другим лабораториям Центра.
Руководитель лаборатории, профессор Франсиско Родригес-Валера, является пионером в области метагеномной сборки микробных геномов (MAG) и одним из ведущих мировых ученых в области систематики и молекулярной биологии архей.
Нашими приоритетными задачами являются:
- Функциональная аннотация метагеномных наборов данных и поиск белков, которые могут быть использованы в биотехнологии и медицине. В частности, выявление новых родопсинов с уникальными свойствами, позволяющими использовать их в качестве оптогенетических средств.
- Изучение взаимосвязи между первичной аминокислотной последовательностью GPCR и микробных родопсинов и их структурными и функциональными особенностями с использованием методов машинного обучения и молекулярного моделирования.
- Изучение механизмов точного распознавания клеток-хозяев вирусами и реконструкция молекулярных моделей белковых комплексов, ответственных за этот процесс.
- Разработка подходов для крупномасштабного моделирования молекулярной динамики и интегративного моделирования крупных биомолекулярных комплексов, в частности, для построения реалистичных моделей мембранных рецепторов эу- и прокариот, а также для моделирования их специфического липидного окружения.
- Виртуальный скрининг низкомолекулярных лигандов GPCR и компьютерный дизайн лекарств. Разработка и применение методов машинного обучения для прогнозирования различных физико-химических и медико-химических свойств низкомолекулярных соединений.
Помимо тесной интеграции с другими лабораториями Центра, наша лаборатория также сотрудничает с исследовательскими группами из Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова, Университета Мигеля Эрнандеса (Испания), Института биоорганической химии РАН.