Адрес e-mail:

Объявления

ПРИГЛАШАЮТСЯ СТУДЕНТЫ-БИОИНФОРМАТИКИ ДЛЯ ВЫПОЛНЕНИЯ МАГИСТЕРСКОЙ РАБОТЫ В МФТИ


Студентам с навыками программирования и интересом к онкогеномике, поступающим в магистратуру МФТИ в 2019 году, предлагается научная работа в области разработки биоинформатических алгоритмов выявления драйверных мутаций с применением нового математического закона развития рака.

Планируется несколько публикаций в международных рецензируемых журналах входящих в первый квартиль Scopus (импакт-фактор 5-15). Возможна подача российского и/или международного патента на новый биоинформатический алгоритм выявления драйверных мутаций. Планируется выступление на нескольких международных конференциях по онкологии. Результаты работы будут также освещены в СМИ.

Научными руководителями выступят Беликов Алексей Витальевич, Dr.rer.nat., старший научный сотрудник лаборатории разработки инновационных лекарственных средств и агробиотехнологий МФТИ и Леонов Сергей Викторович, Ph.D., M.D., заведующий лабораторией. 

От студентов требуется уверенное владение как минимум одним из следующих языков программирования – R, Python, Perl. Желателен опыт работы в Linux. Крайне важным будет навык писать простые скрипты для кросс-конвертации и анализа различных текстовых и табличных форматов данных – TXT, TSV, а также MAF и VCF.

Заинтересовавшиеся могут узнать подробности и пройти собеседование, прислав резюме и оставив заявку по электронному адресу: belikov.research@gmail.com

 

Некоторые основополагающие детали проекта:

В современной онкологии осуществляется переход от неспецифичной химиотерапии с серьезными побочными эффектами к персонализированной терапии таргетными препаратами, подбираемыми под конкретного пациента на основании секвенирования генома опухоли. Их принцип основан на фармакологическом воздействии на продукты генов, в которых произошли так называемые драйверные мутации, т.е. мутации, способствующие росту и прогрессированию опухоли. Однако, поскольку в опухоли присутствует большое количество случайных мутаций, выявление среди них драйверных (а значит, перспективных мишеней для терапии) является нетривиальной задачей, которую в настоящее время пытаются решить с помощью разнообразных биоинформатических алгоритмов. При этом, результаты различных алгоритмов плохо коррелируют друг с другом, что демонстрирует их несовершенство. 

Ранее в нашей лаборатории было показано (результаты опубликованы в журнале Scientific Reports в 2017 году., а также в первом препринте и во втором препринте в 2018-2019 годах ), что применяя определенное статистическое распределение к данным по заболеваемости раком в различных возрастных группах можно прогнозировать количество драйверных мутаций для любого вида рака. В результате выполнения работы, планируется выявить биоинформатические алгоритмы, результаты которых наиболее значимо коррелируют с прогнозами на основании этого распределения. В случае, если таких алгоритмов не обнаружится, или корреляция будет слабой, планируется доработка существующих алгоритмов либо разработка принципиально новых. Эти алгоритмы далее можно будет рекомендовать к применению в персонализированной медицине для выявления драйверных мутаций у индивидуальных пациентов и назначения таргетных препаратов.

Если вы заметили в тексте ошибку, выделите её и нажмите Ctrl+Enter.

МФТИ в социальных сетях