Хотя в последнее десятилетие были описаны тысячи длинных некодирующих РНК млекопитающих (нкРНК), функции многих из них неизвестны. Ранее ученые из Физтех-школы биологической и медицинской физики МФТИ разработали алгоритм, который способен обнаружить межмолекулярные взаимодействия РНК — РНК.
В новой работе сотрудники кафедры биоинформатики и системной биологии ФБМФ во главе с Юлией Медведевой использовали прогнозы алгоритма для оценки способности нкРНК работать посредством прямого спаривания оснований с мишенями.
Способ был применен к более чем 300 экспериментам, в результате чего были получены статистически значимые прогнозы для 71 уникальной нкРНК. Оказалось, что большинство этих РНК, вероятно, функционируют котранскрипционно, то есть гибридизуются с зарождающимися транскриптами целевых генов. Более того, ряд полученных прогнозов подтвержден независимыми экспериментальными данными.
Исследование подчеркивает возможное значение спаривания оснований между ядерными днРНК и растущими транскриптами для регуляции экспрессии генов. Работа опубликована в журнале Genes.
