"Как я стала биоинформатиком": Выпускница МФТИ о своем научном пути и работе BostonGene

Я никогда не видела себя в чистой науке. Я хотела, чтобы результаты моей работы помогали решить насущные проблемы. Поэтому при выборе кафедры искала смежные направления работы. Биоинформатика оказалась отличным выбором — объединение биологии, программирования и статистики.

На четвертом курсе я стала изучать Mycobacterium tuberculosis в Институте Генетики им. Вавилова: генотипировала субпопуляции туберкулеза по мутациям в генах вирулентности. На первом курсе магистратуры опубликовала результаты своей работы в Genome Biology & Evolution. Я углублялась в биоинформатику и точечно закрывала пробелы в знаниях — проходила онлайн-курсы на Stepik и Coursera.

Курсы:

Нужно было решать, куда двигаться дальше. В начале 6-го курса я увидела на странице МФТИ объявление о наборе в BostonGene. Меня взяли в фирму на позицию младшего биоинформатика. Так я перешла от туберкулеза к онкологии, от бактерий к человеку. Оказалось, что моих знаний недостаточно, пришлось читать много литературы по онкологии, иммунологии, изучать новые биоинформатические программы.

Работа в фирме отличается от работы в лаборатории: не нужно тратить свое время на заполнение отчетов по грантам, но у тебя появляется больше ответственности за свою задачу и результат.

Сначала я изучала метилирование ДНК в опухоли головного мозга и защитила по этой теме магистерский диплом. Со временем количество задач выросло, и я стала проводить комплексный анализ опухолей: анализировала мутации, экспрессию, опухолевое микроокружение.

Прошло два года и сегодня я старший биоинформатик в BostonGene, веду несколько проектов с коллабораторами из США по ракам почки и простаты, глиоме и глиобластоме. В моей команде четыре человека. Я отвечаю за все этапы работы над проектом: от начальных — запускаю пайплайны на сырых данных, проверяю качество секвенирования; до финальных — оформляю результаты в отчет и представляю его коллаборатору.

Каждый проект уникален и требует особого подхода, всегда нужно погружаться в предметную область, читать медицинские, биологические и биоинформатические статьи. Часто после первого отчета нам присылают дополнительные когорты, и проект разрастается: по раку почки мы начинали с одной когорты в восемь образцов, а сейчас у нас несколько проектов и образцов — сотни. Мы активно участвуем в конференциях и публикуем статьи. Например, результаты проекта по мультирегиональному раку почки и по раку простаты были представлены на ASCO 2020 (почка, простата), и сейчас мы оформляем их в статьи".

BostonGene — это уникальная молодая и быстро растущая компания, которая работает на стыке трех «высоких технологий»: биотеха, биоинформатики и разработки современной облачной платформы.

Миссия компании — создание современнейшего инструментария, который бы позволял помогать онкологам, исследователям и в конечном счете пациентам подобрать оптимальную терапию. Для этого используются новейшие достижения в области генетического анализа опухоли и микроокружения, мощные собственные базы знаний, собственные разработки в области биоинформатики, новейшие наработки в области облачных технологий.

Компания предлагает карьеры по двум основным направлениям:

• Отдел научных исследований — здесь можно стать профессионалом в области биоинформатики, иммунологии, онкологии, анализировать или со временем участвовать в передовых научных и клинических работах ведущих научных центров мира, с которыми сотрудничает BostonGene.
• Отдел разработки программного обеспечения. Можно стать профессионалом в области разработки сложнейших облачных решений, обрабатывающих большие массивы клинических данных, реализующие сложные алгоритмы анализа и предоставления уникальной отчетности для анализа конечными пользователями.