Для реализации научной концепции базовая исследовательская инфраструктура ФГБУ ФНКЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева Минздрава России включает следующие подразделения:
- Лаборатория физиологии и патологии стволовых клеток
- Лаборатория экспериментальной и клинической фармакологии
- Лаборатория биофизики
- Лаборатория биохимии и энзимологии
- Лаборатория химического синтеза
- Лаборатория молекулярной биологии
- Лаборатория молекулярной биологии и генной инженерии
- Лаборатория цитогенетики и молекулярной генетики
- Лаборатория биоинформатики
- Лаборатория регенеративной медицины
- Лаборатория физиологии и патологии гемостаза
- Лаборатория клеточной иммунологии
- Лаборатория инфекционной иммунологии
- Лаборатория молекулярной иммунологии
- Лаборатория радиобиологии и молекулярной визуализации