Базовые дисциплины условно делятся на три цикла:
- Анализ (математический анализ, теория функций комплексного переменного, функциональный анализ и теория операторов, дифференциальные уравнения, уравнения математической физики, теория управления и вариационное исчисление);
- Алгебра и геометрия (линейная алгебра, аналитическая и дифференциальная геометрия, общая геометрия и топология, теория групп);
- Вычислительная и дискретная математика (методы вычислений, численные методы и методы оптимизации, дискретная математика).
Программы курсов можно найти на сайте ФНТИ. Помимо прочего, на сайте имеется программа Государственного экзамена по математике для бакалавров. А еще кафедрой математики представлены в рамках магистерской подготовки оригинальные специальные курсы, которые можно объединить в цикл «Математические методы физики». Они включают в себя алгебро-геометрические и асимптотические методы исследования физических процессов, в том числе методы исследования физических процессов в наноструктурах, и численное моделирование физических процессов.