- Лаборатория 7-3 «Системный анализ и моделирование экономической политики» (Ю.Н.Иванов — главный научный сотрудник).
- Лаборатория 7-4 «Информационные технологии оценки эффективности инвестиций» (В.В.Токарев — главный научный сотрудник).
- Лаборатория 4-2 «Моделирование развивающихся систем» (Заведующий лабораторией — С.В.Дубовский).
- Лаборатория 7-1 «Системный анализ эффективности естественных монополий» (Н.И.Белоусова — старший научный сотрудник, Костюк Владимир Николаевич — главный научный сотрудник).
- Лаборатория 3-1 «Методы и системы поддержки принятия решений» (А.Б.Петровский — заведующий лабораторией).