Кафедра «Фундаментальные взаимодействия и космология» появилась в составе ФПФЭ по инициативе академика В.А. Матвеева в 1995 году. Занятия проводятся на базе Института ядерных исследований (ИЯИ) РАН.
ИЯИ РАН был создан в 1970 году и на сегодняшний день является одним из ведущих ядерно-физических центров.
В настоящее время на кафедре учреждены премии для студентов и аспирантов имени выдающихся учёных, которые работали в Институте (премии имени академиков Н.Н. Боголюбова, М.А. Маркова, И.М. Франка, А.Е. Чудакова).
