Одним из главных принципов уникальной «системы Физтеха», заложенной в основу образования в МФТИ, является тщательный отбор одаренных и склонных к творческой работе представителей молодежи. Абитуриентами Физтеха становятся самые талантливые и высокообразованные выпускники школ всей России и десятков стран мира.

Студенческая жизнь в МФТИ насыщенна и разнообразна. Студенты активно совмещают учебную деятельность с занятиями спортом, участием в культурно-массовых мероприятиях, а также их организации. Администрация института всячески поддерживает инициативу и заботится о благополучии студентов. Так, ведется непрерывная работа по расширению студенческого городка и улучшению быта студентов.

Адрес e-mail:

Математическая и системная биология (продолжение) II

 

Мясникова Екатерина Марковна


 проф., к.ф.-м.н.


Санкт-Петербургский государственный политехнический университет


Кафедра прикладной математики
Myasnikova

Описание курса:


1. Цели и задачи курса


Цель изучения дисциплины «Системная биология» — знания о биологических процессах и явлениях как о взаимосвязанной системе, о теоретических и вычислительных методах исследования биологических систем, умение конструировать математические модели биологических систем и проводить их анализ, интегрировать и интерпретировать биологические данные и гипотезы; навыки реализации моделей, их численных решений и анализа, проверки пригодности для решения фундаментальный и прикладных задач биомедицины.


2. Краткое описание курса


Системная биология — современная, динамично развивающаяся дисциплина, которая изучает биологические процессы и явления с использованием комплексного подхода, включающего биологический эксперимент, методы современной математики и информатики. Развитие системной биологии стимулировали огромные успехи в области экспериментальных технологий, которые произошли в последние десятилетия и впервые сделали возможными исчерпывающую количественную оценку и динамический анализ сложных биологических систем. Успехи системной биологии в расшифровке принципов функционирования биологических систем ведут к созданию новых методов диагностики и лечения болезней и новых лекарств, а также к созданию новых методов и технологий производства веществ и улучшению продуктивности растений.

 

Курс лекций будет охватывать следующие темы:


V Генные сети. Структура, динамика и функция генных сетей. Графы, мотивы генных сетей регуляции, модули и свойства генных сетей. Булевские и Байесовские сети, модели на основе ОДЕ, стохастические модели. Особенности динамического поведения генных сетей. Стационарные и нестационарные аттракторы, устойчивость системы к возмущениям. Пример: динамическая модель сетей генов семейства gap у дрозофилы.


VI Анализ данных высокопроизводительных экспериментов. Типы данных высокопроизводительных экспериментов. Алгоритмы.


VII Методы подгонки моделей к экспериментальным данным. Статистические методы и алгоритмы.


VIII Программные средства моделирования


Литература:

  1. Системная компьютерная биология. Под редакцией: Н.А.Колчанов. В.А.Лихошвай,  С.С.Гончаров, В.А.Иванисенко, Новосибирск: Сибирское отделение Российской академии наук, 2008. 768с.
  2. Systems Biology. E.Klipp, W.Liebermeister, C.Wierling, A.Kowald, H.Lehrach, and R.Herwig. 2009. Systems Biology. A Textbook. Wiley-VCH, Weinheim, 592с.
  3. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Uri.Alon, 2006, Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology, 320с.

Список публикаций

  1. V.Gursky, L.Panok, E.Myasnikova, Manu, M.Samsonova, J.Reinitz, and A.Samsonov (2011). Mechanisms of gap gene expression canalization in the Drosophila blastoderm. BMC Systems Biology, 5:118. doi:10.1186/1752-0509-5-118.
  2. E.Myasnikova, S.Surkova, G.Stein, A.Pisarev, M.Samsonova. (2011) A regression system for estimation of errors introduced by confocal imaging into gene expression data in situ. BMC Bioinformatics 12: 320, doi:10.1186/1471-2105-12-320.
  3. K.Kozlov, S.Surkova, E.Myasnikova, J.Reinitz, M.Samsonova. (2012) Modeling of Gap Gene Expression in Drosophila Kruppel Mutants. PLoS Comput Biol 8(8): e1002635. doi:10.1371/journal.pcbi.1002635.
Если вы заметили в тексте ошибку, выделите её и нажмите Ctrl+Enter.

© 2001-2016 Московский физико-технический институт
(государственный университет)

Техподдержка сайта

МФТИ в социальных сетях

soc-vk soc-fb soc-tw soc-li soc-li
Яндекс.Метрика