Военная кафедра МФТИ образована во исполнение Постановления Совета Министров СССР от 29 июля 1954 года при непосредственном участии и руководстве первого ректора МФТИ генерал-лейтенанта авиации Петрова Ивана Фёдоровича.
Организаторами специальностей военного обучения были начальники военной кафедры МФТИ, легендарные флаг-штурманы ВВС: Герой Советского Союза, генерал-лейтенант 
авиации, профессор, доктор географических наук Спирин Иван Тимофеевич (руководил военной кафедрой МФТИ с 1.07.57г. до 4.11.60г.) и Герой Советского Союза, генерал-лейтенант авиации, профессор, доктор географических наук Беляков Александр Васильевич (руководил военной кафедрой МФТИ с 16.01.61г. по 19.03.69г.).
В 1957 году, фактически вместе с Иваном Тимофеевичем Спириным, на военную 
кафедру МФТИ приходит, на должность старшего преподавателя, генерал-майор Туржанский Александр Александрович. 
Первым начальником военной кафедры был назначен кандидат технических наук, доцент, инженер-полковник Забродин Павел Иванович (руководил военной кафедрой МФТИ в период с 05.09.55г. до 01.07.57г.), который до назначения был заместителем начальника военной кафедры МАИ.
В 1969 году Военную кафедру у Александра Васильевича Белякова принимает кандидат технических наук, доцент, боевой лётчик Великой Отечественной, полковник, декан
ФАКИ Владимир Иванович Ноздрин. С декабря 1974 года и до я
нваря 1990 года Военной кафедрой Физтеха руководит кандидат технических наук, доцент, офицер-ракетчик 
Борис Сергеевич Седов. В 1990 году военную кафедру МФТИ принимает Игорь Борисович Прусаков, ныне начальник Факультета военного обучения.
В 1997 году, на базе военной кафедры института, был создан Факультет военного обучения (ФВО), который проводил подготовку офицеров запаса на контрактной основе по ряду военно-учетных специальностей в интересах Министерства обороны Российской Федерации. Факультет состоял из военной кафедры и двух циклов (цикл общевоенной подготовки и цикл специальной подготовки), осуществляющих военное обучение студентов всех факультетов на контрактной основе.
При подготовке к празднованию 50-летия военной кафедры — факультета военного обучения была издана, при финансовой поддержки компании ЛИТ, книга «50 лет в строю Физтеха». В книге используются материалы «Исторической справки военной кафедры МФТИ», и фотомат
ериалы, подготовленные полковником Л.И.Альбовым, а также использованы материалы книги «Я — физтех» и материалы опубликованные в газете «За науку». В форме воспоминаний систематизирован материал по 50-летней истории создания, становления и развития военной кафедры —факультета военного обучения Московского физико-технического института. Книга адресована абитуриентам, студентам, аспирантам, ветеранам, сотрудникам и выпускникам Физтеха. С книгой можно познакомиться в библиотеке института, или приобрести в «Издательстве Азбука».
В настоящее время военная кафедра ведёт подготовку офицеров запаса в интересах Министерства обороны Российской Федерации на договорной основе.
Право заключения Договора «Об обучении по программе подготовки офицеров запаса» с Министерством обороны Российской Федерации предоставляется студентам института, гражданам России, годным к военной службе по состоянию здоровья и отвечающим требованиям, установленным Федеральным Законом РФ «О воинской обязанности и военной службе».
Военное обучение осуществляется в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации, и для студентов МФТИ ведется на 4 и 5 курсах. Студенты, изъявляющие желание проходить военное обучение, подают заявление на ВК в конце 5-го семестра. Приём студентов института на ВК происходит на конкурсной основе.
За высокие показатели в военном обучении, активное участие в развитии и совершенствовании учебной базы военной кафедры студентам присуждается, решением Ученого Совета института, именная стипендия профессора А.В.Белякова.
На завершающем этапе военного обучения, в конце 5 курса, проводится в воинских частях 30-дневный Учебный сбор.
Воинское звание «лейтенант» присваивается успешно прошедшим полный курс военной подготовки, по завершению обучения в институте.
Особенность военной кафедры — в обучении по установленным для МФТИ (ГУ) военно-учетным специальностям, соответствующим основным гражданским направлениям подготовки института — 010500 «Прикладная математика и информатика», 010600 «Прикладные математика и физика», 220100 «Системный анализ и управление», 230100 «Информатика и вычислительная техника» и специальности 090102 «Компьютерная безопасность».
Выпускник военной кафедры, в соответствии с полученной фундаментальной и военно-специальной подготовкой, по должностному назначению может выполнять функциональные обязанности научного сотрудника, инженера, офицера-оператора в научно-исследовательских учреждениях, вычислительных центрах, конструкторских бюро, испытательных учреждениях и подразделениях высших учебных заведений Министерства обороны Российской Федерации.
