Коллектив кафедры прикладной механики ведет образовательный процесс по инженерным, специальным и прикладным дисциплинам для студентов трёх физтех-школ МФТИ (ФРКТ, ФАКТ, ФЭФМ), осуществляет подготовку и выпуск магистров по программе «Фундаментальная и прикладная геофизика».
Кроме профессорско-преподавательского состава, структура кафедры включает в себя специализацию «Механика сплошных сред», лаборатории и научно-образовательный центр:
лаборатория прикладной механики (руководитель А.И. Алябьев);
лаборатория прикладных нанотехнологий (руководитель М.В. Рыжаков), создана совместно с базовой организацией МФТИ ФГУП «ЦНИИХМ» в 2008 г. в целях подготовки кадров и выполнения научных исследований в интересах предприятий ФСТЭК России;
научно-образовательный центр «Нефтяной инжиниринг» (руководитель зам. зав. кафедрой прикладной механики, доцент М.В. Березникова, создан совместно с базовой организацией ИДГ РАН в 2007 году в целях подготовки кадров для компаний ПАО «НК «РОСНЕФТЬ», ОАО «Газпромнефть», АО «Зарубежнефть»);
научно-исследовательская «Лаборатория перспективных систем управления» (зав. лаб., зам. декана ФАКИ по научной и инновационной работе С.В. Автайкин, в рамках реализации Программы «5топ100» МФТИ);
лаборатория моделирования механических систем и процессов (зав. лаб. доцент Н.А. Завьялова).