Магистерская подготовка реализует завершающую ступень профессиональной образовательной программы в многоуровневой структуре высшего образования и ориентирована на научно-исследовательскую деятельность.
Набор в магистратуру МФТИ проводится из числа выпускников университетов и технических вузов, имеющих дипломы бакалавра или специалиста по родственным направлениям или специальностям.
Форма обучения – только очная. Срок обучения - 2 года. Обучение осуществляется за счет средств федерального бюджета и на договорной основе.
На все время обучения предоставляется отсрочка от службы в вооруженных силах РФ.
Иногородние на время прохождения вступительных испытаний и обучения в магистратуре обеспечиваются общежитием.
Основа магистратуры - углубленная профессионально ориентированная подготовка по избранной специализации, которая осуществляется на выпускающих (базовых) кафедрах, организованных при ведущих научно-исследовательских институтах Российской академии наук, Государственных Научных Центрах, Научно-производственных объединениях, а также отечественных и зарубежных компаниях, работающих на рынке высоких технологий, что обеспечивает высокую интеграцию процесса обучения студентов с их непосредственным участием в работе научных подразделений соответствующей организации.
Обучение в магистратуре осуществляется в соответствии с индивидуальным планом работы студента-магистранта, разработанным с участием научного руководителя магистранта и научного руководителя магистерской программы с учетом пожеланий магистранта.
Научное руководство осуществляют известные в стране педагоги и имеющие мировую известность ученые, среди которых более 90% докторов и кандидатов наук, около 100 из них являются членами Российской Академии Наук.
Высокий уровень специализированной подготовки магистров на выпускающих кафедрах обеспечивается участием каждого магистранта в зависимости от выбранной магистерской программы и направления исследований (теоретическое или экспериментальное) в конкретном проекте, выполняющемся соответствующим научным коллективом на выпускающей кафедре.
Каждому студенту предоставляется возможность регулярного (в течение всего рабочего времени, выделяемого на теоретическую подготовку и выполнение НИР) пользования персональным компьютером, имеющим выход в Интернет.
Кроме специальных дисциплин в магистратуре студенты изучают разговорный английский, философию, безопасность жизнедеятельности.
На большинстве базовых предприятий студенты магистратуры зачисляются на работу по совместительству, могут принимать участие в коммерческих проектах с соответствующей оплатой.
Около половины выпускников продолжают обучение в аспирантуре МФТИ и базовых организаций.