Кратко:
- Диссертант: Верещага Яна Александровна
- Название диссертации: "Взаимодействие α-спиральных пептидов в биомембранах: моделирование методом Монте-Карло"
- Дата защиты: 15.12.2005
- Язык диссертации: русский
- Ученая степень, отрасль науки: кандидат физико-математических наук
- Шифр специальности: 03.00.02 – биофизика
Цель работы: Разработка теоретического метода предсказания пространственной структуры α-спиральных димерных комплексов в мембранном окружении. Применение разработанного подхода для моделирования димерных комплексов с неизвестной пространственной структурой.
Основные результаты: Разработана методика моделирования α-спиральных димерных комплексов методом Монте-Карло с использованием модели неявно-заданной мембраны. В подходе не используются ограничения на пространственную структуру исследуемых объектов; Предложенная методика адекватно описывает следующие аспекты поведения α-спиралей GpA в бислое: а) Пептиды, сохраняя α-спиральную конформацию, встраиваются в мембрану в ТМ положении и образуют димеры в ориентации «голова к голове»; б) Конформации низкоэнергетических состояний хорошо согласуются с данными мутагенеза; в) Найдена группа димерных состояний, структура которых близка к установленной экспериментально с помощью спектроскопии ЯМР; Разработанная методика применена для моделирования димера ТМ сегмента белка BNIP3 с неизвестной пространственной структурой. Полученные модели хорошо согласуются с данными мутагенеза; Предложены мутантные формы ТМ пептида BNIP3, потенциально обладающие улучшенной димеризационной способностью. Результаты могут быть использованы в Институте молекулярной биологии РАН, Институте белка РАН, ГУ НИИ биомедицинской химии РАМН, Институте теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Институте молекулярной генетики РАН, Институт биофизики клетки РАН.
Доступные материалы:
- Автореферат (PDF, 1,18 Мб)
