Кратко:
- Диссертант: Фаворов Александр Владимирович
- Название диссертации: "Поиск участков специфического связывания белков - регуляторов транскрипции с ДНК методом Монте-Карло Марковскими цепями"
- Дата защиты: 17.11.2005
- Язык диссертации: русский
- Ученая степень, отрасль науки: кандидат физико-математических наук
- Шифр специальности: 03.00.02 – биофизика
Цель работы: разработка нового алгоритма поиска в последовательностях ДНК участков связывания регуляторных белков, реализация разработанного алгоритма с созданием программного продукта, удобного в пользовании для биолога-неспециалиста, использование разработанной программы для анализа регуляции транскрипции генов, вовлеченных в респирацию у гамма-протеобактерий. Основные результаты: впервые сформулирована в явном и строгом виде байесовская модель для вероятности присутствия в заданной позиции последовательности мотива связывания белка-регулятора при условии известных последовательности регуляторной области и набора последовательностей участков связывания этого конкретного белка. Получены формулы для выражения информационного содержания коллекции участков (сайтов) связывания в наборе последовательностей ДНК. Разработана модификация алгоритма «Gibbs Sampler» для алгоритмического поиска участков связывания белков-регуляторов транскрипции ДНК, имеющих сходную регуляторную функцию. Созданы программное обеспечение SeSiMCMC и открытый веб-интерфейс обращения к нему. Были найдены вырожденные и поэтому трудные для алгоритмического обнаружения мотивы сайтов связывания двух регуляторов дыхания в Escherichia coli, а именно ArcA-P и NarP. На основании этих мотивов было сделано первичное описание соответствующих регулонов. Результаты работы могут быть использованы в: ФГУП ГосНИИГенетика, ИМБ РАН, ИППИ РАН, ИБХ РАН, Институте белка РАН, ИЦиГ СО РАН, МГУ им. Ломоносова, ИТЭБ РАН, ИМПБ РАН, Политехническом Университете Санкт-Петербурга
