Факультет управления и прикладной математики был образован приказом министра высшего и среднего специального образования РСФСР 19 июля 1969 года. Это явилось результатом настойчивости группы советских ученых-математиков: академика Анатолия Алексеевича Дородницына, лауреата Государственных премий СССР (1946, 1947, 1951), Героя Социалистического Труда; академика АН СССР и АН УССР Виктора Михайловича Глушкова, Героя Социалистического Труда, лауреата Ленинской (1964) и Государственных (1968, 1977) премий СССР; Никиты Николаевича Моисеева, лауреата Государственной премии СССР (1980); Александра Андреевича Самарского, Героя Социалистического Труда, лауреата Ленинской (1962) и Государственной (1954) премий СССР; члена-корреспондента АН СССР Дмитрия Евгеньевича Охоцимского, Героя Социалистического Труда, лауреата Ленинской (1957) и Государственной (1970) премий СССР.
Они писали в директивные органы: "В настоящее время роль вычислительной техники и математических методов в научных разработках, управлении (в научном смысле этого слова), включая экономическое планирование, контроль и административное управление, становится исключительно важной, решающей для технического прогресса и развития.
Уже давно назрела необходимость организовать подготовку на самом высоком профессиональном уровне специалистов, занимающихся в этих областях созданием математических методов, опирающихся на применение ЭВМ. В традициях МФТИ всегда было быстро реагировать на возникающие потребности в подготовке остро необходимых стране специалистов. Сейчас такой специальностью является машинно-ориентированная математика с ее разнообразными приложениями в технике, экономике, администрации.
Мы считаем совершенно необходимым, чтобы Московский физико-технический институт принял на себя обязанность восполнить этот пробел путем организации отдельного факультета "Управление и прикладная математика".
В этих словах сформулирована обстановка тех лет, стоящие проблемы и предложен путь их решения.
Возглавить новый факультет было предложено одному из корифеев Физтеха - академику Никите Николаевичу Моисееву. Он хорошо знал обстановку в высшей школе, был тесно связан с академической и отраслевой научными школами. Он мог создать на факультете дух энтузиазма в совокупности с высоким профессионализмом.
С 1 сентября 1969 года начались занятия у 85 первокурсников и переводников с других факультетов Физтеха. Началась кропотливая работа по подготовке первых выпускников факультета, к которым предъявлялись довольно высокие требования. Они должны были овладеть всей накопленной в физике культурой моделирования реальных явлений, свободно владеть математикой, профессионально владеть ЭВМ как инструментом, овладеть достаточной гуманитарной культурой и т. д.
Специалист-выпускник должен был быть энтузиастом, обладать физической интуицией, богатым воображением художника, логикой математика, конструктивным мышлением инженера. Эту задачу факультет выполнил.
Окончившие факультет, по образному выражению академика Дородницына, "интеллектуальной техники" удовлетворяли поставленным требованиям и легко распределялись по академическим и отраслевым НИИ и КБ.
Факультет начал подготовку специалистов и в течение первых двадцати лет готовил исследователей по специальностям: "Математическая физика" (кафедры: "Математическая физика" под руководством академика А.А. Дородницына; "Математическое моделирование" под руководством академика А.А. Самарского; "Прикладная математика", под руководством члена-корреспондента РАН С.П. Курдюмова), "Управление техническими системами и их проектирование" (кафедры: "Автоматизация проектирования и математического моделирования" под руководством академика О.М. Белоцерковского; "Информатика" под руководством академика Б.В. Бункина; "Управление и эффективность спецсистем" под руководством академика Е.А. Федосова ), "Управление организационными и социально-экономическими системами", (кафедры: академика Н.Н. Моисеева "Теория управления и исследование операций"; академика Д.М. Гвишиани "Системные исследования"; академика Г.С. Поспелова "Проектирование и организация систем"),"Системы автоматического управления" (кафедра академика В.А. Трапезникова в Институте Автоматики и телемеханики).
Эти направления базировались на усиленной подготовке в области математического моделирования и технологии решения сложных задач на ЭВМ, овладении методами информатики.
Границы научных областей математического моделирования определить практически невозможно. Например, на кафедре "Математическая физика" ставились и решались задачи по газо- и гидродинамике, пограничному слою, ударным волнам, расчетам турбинных лопаток. Это традиционные для Анатолия Алексеевича Дородницына направления. На этой же кафедре решены на ЭВМ задачи, описывающие процессы в полупроводниковых структурах, микроэлектронных приборах. Одновременно ставились задачи численного моделирования взаимодействия атмосферы, океана и биосферы...
Много сил и энергии отдал организации факультета его декан Никита Николаевич Моисеев. На факультете нет двух похожих кафедр, как и их руководителей. Каждая кафедра обладает неповторимыми чертами, характерными для базового института, личностными и научными интересами преподавательского коллектива.
Когда Никита Николаевич возглавил Вычислительный центр АН СССР, ему стало сложно совмещать трудоемкую работу декана с должностью директора академического института. Бразды правления факультетом в 1977 году перешли к доктору физико-математических наук профессору Юрию Павловичу Иванилову. Юрий Павлович был всесторонне развитым специалистом, но предпочтение отдавал экономике, увлекался политикой и политологией, впоследствии став народным депутатом Верховного Совета РСФСР. Он возглавлял факультет до 1979 года.
Затем деканом стал доктор технических наук, профессор Андрей Александрович Натан. Он активно взялся за формирование и становление факультета. Была организована кафедра "Системные исследования" на базе ВНИИ системных исследований, которую возглавили директор института академик Д.М. Гвишиани и выпускник Физтеха, доктор физико-математических наук профессор Ю.Н. Иванов. На этой кафедре удалось организовать общий цикл обучения экономической специальности. Глубокая физико-математическая подготовка студентов позволяет им осваивать экономические доктрины, эконометрику, экономическую статистику, основы системного анализа, глобальные экономические модели рынка, создавать информационные системы и сети. Выпускники этой специализации могут работать на предприятиях и в организациях любой формы собственности.
В 1984 году деканом факультета стал доктор физико-математических наук, профессор Александр Сергеевич Холодов - выпускник Физтеха, ученик и сподвижник ректора Олега Михайловича Белоцерковского.
В эти годы перспективными направлениями в информатике были вопросы автоматизации проектирования в машиностроении, создание экспертных систем, исследование и разработка параллельных алгоритмов и систем для научно-технических и коммерческих систем. Академия наук СССР создала Институт автоматизации проектирования, руководство которым поручила академику О.М.Белоцерковскому. В свою очередь, Олег Михайлович этот институт сделал базовым и вместе с Александром Сергеевичем Холодовым открыл в 1987 году кафедру "Автоматизации проектирования и математического моделирования".
В 1987 году деканом факультета был избран выпускник Физтеха, доктор технических наук, профессор Валерий Алексеевич Ириков. Были созданы комиссии по сквозной корректировке учебных программ, реформирован факультетский практикум на ПЭВМ, начата подготовка специалистов по новым специализациям: Computer sciences, общая и прикладная экономика, управление финансами, синергетика и нелинейные процессы. Для старшекурсников и аспирантов всех факультетов Физтеха была организована двухлетняя школа менеджмента "Физтех-менеджер". Окончившие ее физтехи получили двойные дипломы (российский и английский) с присуждением степени "Master of business-administration".
Многое было сделано для поиска устойчивых форм взаимодействия факультета и его выпускников. Например, научно-информационный центр "Микродин", одна из физтеховских коммерческих структур, установил 100 стипендий для студентов факультета, который, в свою очередь, не остался в долгу, "платя" "Микродину" творческими кадрами выпускников, ТОО "Информатика" - специалистами международного класса в области компьютерных технологий и так далее.
В 1997 году деканом факультета был избран выпускник Физтеха, кандидат физико-математических наук, доцент Сергей Иванович Бирюков. За время его руководства получили активное развитие все основные направления на факультете. В частности, стало энергичнее развиваться востребованное в настоящий момент “экономическое направление“, в связи с чем и появилось нынешнее название: факультет прикладной математики и экономики. Были созданы новые базовые кафедры, налажены связи с ведущими научными институтами и рядом коммерческих компаний. Появились кафедры “Анализа и прогнозирования национальной экономики” под руководством академика В.В. Ивантера, “Финансово-экономического анализа” под руководством академика С.В. Емельянова, “Прикладной экономики” под руководством доктора физико-математических наук, профессора Ю.Н. Иванова, “Экономики и управления”, которую возглавил сам Сергей Иванович. На базовой кафедре “Проблем управления” была создана специализация “Прикладные информационные технологии в экономике и бизнесе” (заведующий специализацией доктор технических наук, профессор В.А. Ириков). Совместно МФТИ, институт системного анализа РАН и акционерно-финансовая корпорация “Cистема” создали учебно-научную организацию “учебно-методический центр “АФК-система”. Все специальности появившегося на факультете платного отделения также связаны с экономикой и управлением: “Национальная экономика”, “Математические методы в экономике”, “Прикладная информатика (в экономике)”, “Менеджмент организации”.
Факультет всегда активно следил за требованиями времени, в особенности в нынешних рыночных условиях. С этим связано появление в сразу нескольких специальностей, связанных с современными информационными технологиями, в частности, специализаций “Современные компьютерные технологии” под руководством доктора физико-математических наук, профессора И.Б. Петрова. Сейчас создается специализация “Системное программирование и менеджмент” под руководством доктора физико-математических наук профессора С.В. Клименко.
Вместе с тем, не остались забыты и старые направления. В настоящий момент именно с их обновлением связаны основные тенденции развития факультета, который по-прежнему остается самым активно изменяющимся, самым энергичным факультетом Физтеха.
В конце 2002 года деканом был избран выпускник Физтеха, доктор физико-математических наук, профессор Александр Алексеевич Шананин. В качестве первоочередных задач, стоящих перед факультетом, им были названы сохранение лидирующих позиций в российском высшем образовании в области новых информационных технологий, подготовка (с использованием огромного потенциала базовых кафедр) на долговременной основе специалистов для структур, выполняющих наукоемкие проекты и сумевших вписаться в новые рыночные отношения, обеспечение воспроизводства в рамках системы Физтеха высококвалифицированных прикладных математиков, работающих в научной и педагогической сфере, приведение в соответствие с современными требованиями к обучению прикладного математика факультетского и базового циклов лекций.