Одним из главных принципов уникальной «системы Физтеха», заложенной в основу образования в МФТИ, является тщательный отбор одаренных и склонных к творческой работе представителей молодежи. Абитуриентами Физтеха становятся самые талантливые и высокообразованные выпускники школ всей России и десятков стран мира.

Студенческая жизнь в МФТИ насыщенна и разнообразна. Студенты активно совмещают учебную деятельность с занятиями спортом, участием в культурно-массовых мероприятиях, а также их организации. Администрация института всячески поддерживает инициативу и заботится о благополучии студентов. Так, ведется непрерывная работа по расширению студенческого городка и улучшению быта студентов.

Адрес e-mail:

Группа функциональной геномики Исследовательского центра медицинской генетики РАМН

Группа функциональной геномики Исследовательского центра медицинской генетики РАМН приглашает студентов МФТИ для работы в области биоинформатики.

Общая информация

Направление.

Группа занимается анализом генома на различных уровнях его организации и реализации. Основным подходом является биоинформатический анализ с последующей экспериментальной проверкой. Главной целью проекта является выполнение хорошей интересной работы, которую можно опубликовать в зарубежном журнале. Темы работ лежат в областях организации геномной ДНК, регуляции экспрессии генов, анализа самой экспрессии генов, исследования взаимодействий транскриптов, исследования семейств белков, и многое другое.

Формат работы.

Сама группа находится рядом с м.Каширская, в Медико-генетическом научном центре. Но из-за специфики биоинформатики само общение/взаимодействие происходит, как правило, удалённо по e-mail, skype, telephone. По необходимости собираемся вместе для проведения семинаров.

Требования:

Иметь большое желание. Уметь программировать на языке Perl или awk. Предстоит писать скрипты для анализа данных, хранящихся в текстовых файлах.

Гарантии:

Обучение основам современной биоинформатики. Публикация по результатам работы в хорошем журнале. Возможность диплома и аспирантуры в будущем.

 

Заинтересовавшимся просьба обращаться к Михаилу Скоблову, mskoblov@gmail.com.

 

Тематика исследований

Оценка эпигенетического потенциала высших приматов

Геномы высших приматов очень похожи друг на друга. Разница между геномами человека и шимпанзе составляет чуть больше одного процента. Разница между геномами человека и вымершими предками (homo neanderthalensis , homo denisova) совсем небольшая. Между тем существует теория, что эволюционное разница у высших приматов достигается не разницей в последовательности генов, а их регуляцией. Одним из мощнейших механизмов регуляции генов является эпигенетическая регуляция, обусловленная в первую очередь метелированием регуляторных участков ДНК.

Целью данного исследования является анализ последовательностей генов высших приматов, для поиска разницы в регуляторных участках у разных видов. Когда такие последовательности будут найдены, будет проведён анализ что за гены регулируются этими последовательностями. Стоит ожидать, что это будут гены, играющие большое значение при развитии организма, а также ответственные за функционирование мозга.

 

Поиск кольцевых РНК человека 

В литературе описано несколько случаев существования кольцевых РНК. Исследователи обнаружили их совершенно случайно. В отличии от обыкновенных мРНК, они не имеют ни кэпа ни полиА конца, и представляют собой одноцепочечную кольцевую РНК. Образуются они в результате сплайсинга, проходящего опять таки не как обычно. Функции таких РНК пока не известны. Количество их – тоже.

Целью данной работы является поиск кольцевых РНК в транскриптоме человека, и затем экспериментальное их исследование.

 

Анализ широкомасштабных данных экспрессионных микрочипов для оценки характера взаимодействия антисмысловых транскриптов со смысловыми мРНК 

Геном человека любит активно экспрессироваться. Около 80% геномной ДНК способно образовывать различные транскрипты. В то же время всего лишь 1.5% ДНК кодирует белки. Получается, что огромная доля РНК это некодирующая РНК, функция которой в большой части неизвестна. Часть этой некодирующей РНК – это антисмысловая РНК. Антисмысловые РНК содержат последовательности, комплементарные другим транскриптам, что открывает возможность регуляции экспрессии гена его антисмысловым партнером. Несмотря на широкую распространенность антисмысловой транскрипции, ее функциональная роль экспериментально изучена только на нескольких десятках примеров. Что интересно, такая регуляция может носить как позитивный (чем выше уровень антисмыслового транскрипта тем выше уровень смыслового), так и негативный характер (чем выше уровень антисмыслового транскрипта тем ниже уровень смыслового). Однако предсказать, какой из механизмов может реализовываться в случае каждой пары смыслового — антисмыслового транскриптов, невозможно. Одним из мощных инструментов, позволяющих предсказать характер антисмысловой регуляции, является анализ широкомасштабных данных по экспрессии генов, полученных с помощью микрочипов.

В ходе работы будут разработаны и опробованы подходы к определению характера антисмысловой регуляции экспрессии генов у человека на основе данных экспрессионных микрочипов.

 

Поиск коротких транс-антисмысловых взаимодействий 

Если два различных транскрипта комплементарны друг с другом больше чем на 20 нуклеотидов, то такие транскрипты считают вовлеченными в антисмысловую регуляцию. Один из них условно называют смысловым, другой антисмысловым. В одной научной работе было показано, что чем меньше выставить длину перекрывания между транскриптами, тем большее количество перекрываний будет найдено. Неизвестно, какие из этих перекрываний являются значимыми, и способны участвовать в регуляции, а какие нет.

Целью данной работы является написание программы, которая сможет находить и анализировать короткие транс-антисмысловые перекрывания.

 

Разработка подходов поиска биомаркёров различных состояний на основе экспрессионного анализа 

Полезность и актуальность биомаркёров хорошо известна. Сегодня они активно используются в диагностике опухолей. Однако существует большое количество различных состояний организма, для которых биомаркёры неизвестны. В тоже время в различных базах данных доступно большое количество информации об экспериментах по исследованию профиля экспрессии на микрочипах.

Целью данной работы является разработка подходов к поиску биомаркёров различных состояний на основе экспрессионного анализа.

Если вы заметили в тексте ошибку, выделите её и нажмите Ctrl+Enter.

© 2001-2016 Московский физико-технический институт
(государственный университет)

Техподдержка сайта

МФТИ в социальных сетях

soc-vk soc-fb soc-tw soc-li soc-li
Яндекс.Метрика