На момент создания в качестве структурных подразделений Центра в него входят:
- MBA-центр;
- центр дополнительного профессионального образования;
- центр "Фотоника";
- лаборатория тонкого органического синтеза;
- медико-биологическая лаборатория;
- медицинский центр МФТИ.
